lattice ecp3-35 fpga功能异常请教以及求时序约束资料

最近在用lattice器件过程中遇到了一个这样的问题，想请教一下，问题描述如下：
工程有个加密模块，我把整体工程的其他模块屏蔽掉，只保留这个加密功能模块，进行编译，生成的bit文件，显示加密功能正确；但是，我把工程所有功能模块整合在一起，进行编译，生成的bit文件，显示加密功能没起作用，加密模块是单独的，只需要一个500K的时钟就可以，跟工程里其他模块没有任何交互；问题就是，为什么单独编译加密模块，运行正常，加到整个工程一起编译，运行就不对呢；这个会跟lattice器件的时序相关吗，目前用的器件是ECP3-35,资源利用率大概是百分之70到80之间，工程里有多个时钟域，需要做跨时钟约束吗，如果要做的话，lattice跨时钟域是怎样做呢？
谢谢了。